Her şey Astronomi Kulübü'nün üyelerinden birinin ölümüyle başladı. Bu olaydan sonra kulübün söylentilere konu olan hayaleti canlandı. Huysuz ve uykusuz Ganta Nakami, Astronomi Kulübü'nün terk edilmiş gözlemevinde orta derecede isyankâr ama uyumlu Isaki Magari'ye rastlar. Magari sarsılarak uyanır ve olay yerinden kaçmaya çalışır, ancak kırık bir kapı buna engel olur ve ikisini içeri girmeye zorlar. İkili beklenmedik bir dostluk kurar ve gözlemevini etkileşime girmeleri için güvenli bir alan olarak kullanmaya başlarlar. Kimi wa Houkago Insomnia, uykusuzluk çeken Nakami ve Magari'nin yıldızlarla aydınlatılmış gözlemevinde geçirdikleri zamanı, birbirlerine uykusuzlukla başa çıkmalarında yardımcı olmalarını ve bunun öğrenci hayatı üzerindeki kalıcı etkilerini anlatıyor.