Ninjalar bugün Japonya'da hala varlar. Sayıları 200,000 civarındadır. Ninja örgütü NIN (National Intelligence of NINJA) sivil hükümet tarafından kontrol edilmemekte, seçkin üyeleri gizlice suikast ve sabotajlar gerçekleştirmektedir. NIN'e karşı çıkan bir örgüt var: UN (Under Ninja). Ninja ninjaya karşı: Bu karanlık kan davasının sonunda ne bekliyor?